Nous pouvons comprendre la nature, les fonctions et les qualités du mantra secret en pensant aux différents noms que Bouddha lui a donné : véhicule secret, véhicule du mantra, véhicule de l'effet, véhicule-vajra, véhicule de la méthode et véhicule tantrique. Ceux-ci vont maintenant être expliqués.

Le tantra est l'essence même des enseignements de Bouddha, c'est pourquoi il est considéré comme un trésor rare et précieux. En général, les personnes gardent leurs biens les plus précieux cachés, elles ne les montrent qu'à leur famille et à leurs amis les plus proches. Si nous possédons, par exemple, un diamant inestimable, ce ne serait pas raisonnable de l'exposer sur notre cheminée pour le montrer à tout le monde, car cela ne ferait qu'attirer les voleurs. De la même manière, il ne serait pas raisonnable de révéler les enseignements tantriques à ceux qui n'ont pas reçu de transmissions de pouvoir ou qui n'ont pas une foi profonde en le bouddhadharma, car cela attirerait de nombreux obstacles. C'est pourquoi le tantra est à pratiquer discrètement.

Le mantra secret n'existe que dans le bouddhisme. Bien qu'il y ait certains enseignements non bouddhistes qui ressemblent superficiellement au mantra secret, ils sont en réalité complètement différents. De plus, le mantra secret est exclusivement une pratique mahayana et, parmi les mahayanistes, seuls ceux qui ont une grande foi, du mérite et de la sagesse peuvent le pratiquer. Bien que le mantra secret soit extrêmement précieux et profond, il ne convient pas à ceux qui n'ont pas ces qualités. Vajradhara a comparé le mantra secret au lait d'un lion des neiges. Si ce lait est conservé dans un récipient en or, il reste doux et revigorant, mais si on le met dans un récipient fait d'une substance inférieure, il tourne immédiatement. De la même manière, si une personne qui a peu de foi étudie les enseignements tantriques et essaie de les pratiquer, sans s'en remettre à un maître-vajra qualifié, il, ou elle, fera vraisemblablement de mauvaises interprétations qui lui seront nuisibles.

« Mantra » signifie « protection de l'esprit ». Par le pouvoir de la pratique du mantra secret, notre esprit est protégé des apparences et des conceptions ordinaires. Selon le tantra, les apparences et les conceptions ordinaires sont la racine du samsara et à la base de toutes les souffrances. Toute apparence due à un esprit impur est une apparence ordinaire, et tout esprit qui conçoit une chose à partir d'une apparence ordinaire est une conception ordinaire. C'est parce que les phénomènes nous paraissent ordinaires et que nous les concevons comme étant ordinaires, que nous créons du karma contaminé et errons dans le samsara. Les conceptions ordinaires sont les obstructions à la libération, et les apparences ordinaires sont les obstructions à l'omniscience.

Quand on s'obstine à rester une personne ordinaire, en pensant « Je suis Pierre », « Je suis Sarah », etc., nous avons des conceptions ordinaires. C'est parce que nous nous obstinons à garder une identité ordinaire que nous avons peur si quelqu'un nous attaque, et que nous sommes angoissés si nous manquons d'argent. Si, au lieu de nous attacher à une identité ordinaire, nous arrivions à surmonter les conceptions ordinaires en développant la fierté divine d'être Hérouka ou Vajrayogini, nous n'aurions ni peur, ni angoisse, ni tout autre état d'esprit négatif. Comment quelqu'un pourrait-il blesser Hérouka ? Comment Vajrayogini pourrait-elle manquer d'argent ?

Pourquoi avons-nous la pensée ordinaire d'être Pierre, Sarah, etc ? Les conceptions ordinaires dépendent des apparences ordinaires. Nous pensons que nous sommes une personne ordinaire en nous basant sur les agrégats ordinaires qui apparaissent à notre esprit. Nous pensons « Je » et nous concevons comme étant un être ordinaire, parce qu'un corps grossier, impur, et des états d'esprit grossiers, impurs, nous apparaissent. En agissant sous l'influence de telles conceptions ordinaires, nous créons du karma contaminé et semons de ce fait les graines qui donneront naissance à une future apparence d'un corps, d'un esprit et d'un monde ordinaires. Si nous donnons notre assentiment à ces apparences ordinaires et que nous considérons nous-mêmes et notre monde d'une manière ordinaire, nous allons simplement perpétuer ce cycle d'expériences ordinaires. Pour rompre ce cycle, il est nécessaire de surmonter les apparences ordinaires en nous visualisant sous forme de déité, et de surmonter les conceptions ordinaires en générant la fierté divine d'être la déité. La plupart des voies tantriques sont des méthodes pour éliminer les apparences et les conceptions ordinaires.

Les conceptions ordinaires ne sont pas nécessairement des perturbations mentales parce qu'elles ne sont pas forcément des perceptions erronées, mais elles sont des obstructions à la libération. Pour les pratiquants tantriques, les principaux objets à abandonner ne sont pas les perturbations mentales, mais les apparences et les conceptions ordinaires, car la pratique tantrique ne fonctionne pas lorsque celles-ci se manifestent avec force. Les perturbations mentales n'effraient pas les pratiquants tantriques qualifiés. En effet, dans certains tantras, Bouddha donne la permission aux pratiquants tantriques de développer l'attachement désirant, et dans d'autres il leur donne la permission de développer la colère et la jalousie. Il y a toutefois un débat pour savoir si Bouddha a oui ou non donné la permission de développer l'ignorance. Certains érudits soutiennent qu'il ne l'a pas fait parce qu'aucun bienfait ne provient du développement  de l'ignorance. Ils disent que, bien que l'attachement puisse être utilisé pour générer la félicité et que la colère puisse être transformée en une force utilisée pour aider les autres, on ne peut jamais faire un bon usage de l'ignorance. D'autres érudits disent qu'en donnant la permission de développer la colère et l'attachement, Bouddha a implicitement donné la permission de développer l'ignorance, la racine de toutes les perturbations mentales. Il est toutefois à noter que, bien que les pratiquants tantriques ne considèrent jamais les perturbations mentales comme les principaux objets à abandonner, ils ont néanmoins l'intention de les abandonner plus tard. En fait, quand des pratiquants réduisent ou abandonnent les apparences et les conceptions ordinaires, ils réduisent ou abandonnent automatiquement leurs perturbations mentales.